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O Programa de Pós-Graduação em Microbiologia e Imunologia teve início em 1971 e recebeu credenciamento pelo Conselho Federal de Educação em 08/11/72 (parecer nº 1297/72). É ministrado nos níveis de Mestrado (Mestre em Microbiologia e Imunologia) e Doutorado (Doutor em Ciências) por docentes orientadores do Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia (DMIP) da Escola Paulista de Medicina-Universidade Federal de São Paulo (EPM-UNIFESP), de outros departamentos da Universidade e de outras Instituições.

O Programa contribuiu, em seus 45 anos de existência, para a formação de pesquisadores de prestígio nas áreas de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia e recebeu, ininterruptamente, conceito máximo de excelência (nota 7) pelas Comissões Examinadoras da CAPES.

O Programa de Pós-Graduação em Microbiologia e Imunologia formou, até março de 2017, por volta de 828 Mestres e Doutores. O destino de nossos alunos egressos pode ser visualizado no website do Programa. Vários alunos formados são atualmente pesquisadores independentes e dirigem grupos de pesquisa produtivos na UNIFESP e em outras instituições, evidenciando a capacidade de nucleação dos orientadores. O Programa também estimula intercâmbio de professores e alunos com outras instituições nacionais e internacionais, o que tem proporcionado considerável enriquecimento científico ao longo dos anos.

Atualmente, o Programa de Pós-Graduação em Microbiologia e Imunologia é coordenado pelo Prof. Dr. Renato A. Mortara e pelo vice-coordenador Prof. Dr. Alexandre Basso, juntamente com a CEPG (Comissão de Ensino de Pós-Graduação), que é um órgão departamental constituído por 6 membros eleitos pelos orientadores do Programa e um representante discente. A comissão atual iniciou suas atividades em abril de 2017.

Nos últimos anos, os nossos grupos de pesquisa atingiram a maturidade científica, refletida na qualidade das publicações em periódicos de alto índice de impacto. Cada vez mais as publicações têm como autores principais e co-autores os alunos de mestrado e doutorado do Programa, além de pós-doutorados e mesmo alunos de iniciação científica.

Os objetivos do Programa têm se adaptado às mudanças ocorridas nos últimos anos no país, às demandas dos estudantes e da própria Capes. Acreditamos que a tendência à internacionalização, detalhada no documento de área, vem crescendo com consequente aumento de demanda neste quesito. Além disso, o perfil do profissional que o mercado requer tem se modificado nos últimos anos.

Os objetivos do programa de Pós-graduação em Microbiologia e Imunologia são: estimular os alunos a desenvolver raciocínio crítico e independente em sua área de concentração, mantendo-se atualizados também em áreas afins; envolver os alunos em atividades científicas de alto nível, empregando tecnologias de ponta, facilitando aos alunos o acesso aos diversos laboratórios do departamento e a colaboração com outras instituições; estimular e facilitar a colaboração com grupos internacionais e a permanência dos estudantes em laboratórios de ponta no exterior por meio de programas sanduíche; estimular a vinda de pesquisadores visitantes e estudantes internacionais para o Programa; encurtar o tempo de formação do Doutor, estimulando a passagem direta do mestrado para o doutorado; valorizar a qualidade do trabalho desenvolvido, de forma que possa ser publicado em revistas de ótimo nível de impacto; formar profissionais capazes de exercer atividades de pesquisa e ensino não apenas em Universidades e Institutos/Fundações, mas também capazes de utilizar seus conhecimentos na inovação e desenvolvimento tecnológico da iniciativa privada.  Para atingir estes objetivos, criaram-se condições criteriosas de admissão e de qualificação dos alunos. Os exames de admissão ocorrem duas vezes ao ano.